O Husajnovi rozhodoval zvláštní irácký tribunál, o který se zasadila prozatímní koaliční správa. Někdejší diktátor čelil obvinění z válečných zločinů, zločinů proti lidskosti a také z genocidy. Zvláštní místo měla obvinění týkající se dudžajlského masakru z roku 1982, kdy Husajn po útoku na svou osobu nechal zadržet stovky lidí. Kolem 150 jich bylo zabito.
