Zcela jinou a velmi kontroverzní kapitolou života Radoly Gajdy je poválečné období. Gajda se stal obětí složitých politických a špionážních intrik. V takzvané Gajdově aféře byl podezříván z příprav pravicového vojenského převratu, který by vypukl v červenci 1926 v průběhu všesokolského sletu, nic z toho však nebylo nikdy prokázáno. Aféra přesto skončila 14. srpna 1926 Gajdovou superarbitrací - vyhazovem z armády a degradací. Podle některých spekulací se například Edvard Beneš obával Gajdovy obrovské popularity. Legionářský generál Otakar Husák charakterizoval například Gajdu jako "typického mongolského chána, který plánuje velké válečné operace, dobývá města, zařizuje si harémy a sbírky cenností".
