Po pražském atentátu na Reinharda Heydricha se Kaltenbrunner stal šéfem Hlavního říšského bezpečnostního úřadu, jehož úkolem byla likvidace Židů a lidí označených za nepřátele Německa. Během norimberského procesu Kaltenbrunner žádal o milost s poukazem na zdravotní problémy a tvrdil, že pracoval hlavně na poli rozvědky a špionáže.
