Možná změna účelu Hagie Sofie vzbuzuje také obavy památkářů a historiků, kterým by mohl být odepřen přístup do mešity. Odborníci se bojí i o budoucnost křesťanských fresek a mozaik, které by musely být při muslimských modlitbách minimálně skryty, případně až přemalovány, jak se tomu stalo i v 15. století.
