Rekonstrukcí prochází i část viaduktu nad Vltavou. Během oprav se napřed pilíře ohradí jímkou, odčerpá se voda a pilíře se zkontrolují. U Negrelliho viaduktu byly poprvé na odčerpání vody použity parní stroje, předtím se voda vynášela ručně. Zhruba měsíc trvá vodu odčerpat. Jímky jsou ocelové a nepropustné, mohou však být v případě potřeby zaplaveny.
