Přehradě musela ustoupit obec Fláje. Tamní kostel svatého Jana Křtitele byl před zatopením rozebrán a znovu sestaven v nedaleké obci Český Jiřetín. Základy kostela, sklepení domů a zbytky hřbitova se dnes nachází v chráněné zóně vodního zdroje. Kvůli ochraně vody byly zrušeny další čtyři obce, často už ale prakticky vylidněné kvůli poválečným odsunům Němců.
