Antimonopolní úřad se nezabýval samotnými podmínkami tendru, protože dodavatele společnost Elektrárna Dukovany II (EDU II) vybírala mimo zadávací řízení na základě bezpečnostní výjimky. Podle zákona nelze v takovém případě podat proti postupu zadavatele námitky. Soud se zabýval tím, zda měl antimonopolní úřad posuzovat samotné podmínky tendru, nebo zda správně rozhodl, že podle zákona EDF námitky podat nemohla. Rozhodl ve prospěch antimonopolního úřadu.

Podle soudce Jana Čížka byl postup ÚOHS správný a pramení z povahy bezpečnostní výjimky. "Cílem zákonodárce bylo vyloučit možnost jakéhokoliv zasahování do postupu zadavatele při výběru dodavatele a ochránit bezpečnostní zájmy státu," řekl Čížek. Judikatura podle něj zastává názor, že výčet námitek, které lze podat proti pokynům zadavatele, je vyčerpávající a nelze jej rozšiřovat. A zákonodárce také implicitně vyloučil pravomoc dodavatele domáhat se přezkoumávání zadávacího řízení.

Ani při použití bezpečnostní výjimky nelze porušit zásadu transparentnosti a diskriminace, ale to se podle soudu nestalo. Právní ochrana zadavatele podle Čížka není vyloučena, ale té je potřeba se případně domáhat u civilních soudů v občansko-právním sporu.

Smlouvu státu na výstavbu dvou jaderných bloků v Dukovanech s korejskou firmou KHNP rozhodnutí Krajského soudu v Brně neovlivňuje. Obě strany smlouvu podepsaly 4. června poté, co Nejvyšší správní soud zrušil předběžné opatření krajského soudu, které zakazovalo smlouvu podepsat. Pokud by ale dnes soud EDF vyhověl a také soudy vyšší instance postup ÚOHS vyhodnotily jako nesprávný, mohla by francouzská společnost žalovat zadavatele zakázky, tedy EDU II, o náhradu škody.

První blok v Dukovanech by měl být hotový v roce 2036. Stavba nových jaderných bloků v Česku by měla být největší tuzemskou zakázkou. Náklady při aktuálně preferované výstavbě dvou reaktorů v Dukovanech při současných cenách činí 407 miliard korun.